北京的哪些大学土木工程系比较好。？

从一级学科整体来讲：清华大学最好。
但是从二级学科来看：中国矿业大学的岩土工程，北京工业大学的结构工程，北京交通大学的桥梁与隧道都是国内一流的。
其他院校来讲：北京建筑工程学院是近年来发展较快的。主要是防灾减灾工程及防护工程方面。

西南大学土木工程怎么样？

西南大学还不错。但它的土木工程只能说一般。

如果你需要了解某一学科在中国学术前沿上的排名。可以参考教育部不久前公布的一项排名。

如果是二本类的院校，不妨选择一些更加专业性的学校。学校和专业一定要对口。